Vạn Nguyên chia ra làm 12 trấn, 41 hương với tổng cộng 410 thôn.

• Trấn: Thanh Hoa, Cựu Viện, Bạch Sa, La Văn, Hoàng Chung, Hà Khẩu, Đại Trúc, Thảo Bá, Quan Độ, Trúc Dục, Thái Bình.
• Hương: Trà Á, Trường Thạch, Bạch Dương, Cố Quân, Thiết Quáng, Tỉnh Khê, Niệm Đường, Phong Dũng, Tào Gia, Sa Than, Thạch Đường, Bát Đài, Hoa Lâu, Trường Bá, Tằng Gia, Ti La, Chung Bình, Quán Bá, Thạch Nhân, Triệu Đường, Đại Sa, Tần Hà, Miếu Á, Ưng Bối, Miếu Pha, Tử Khê, Lâm Hà, Miếu Tử, Chung Đình, Bạch Quả, Ngụy Gia, Thạch Oa, Ngọc Đái, Liễu Hoàng, Tân Điếm, Lê Thụ, Bì Oa, Khê Khẩu, Vĩnh Ninh, Hồng Kiều, Khang Lạc.